SQL-PYME inclou una excel·lent gestió de magatzems, pot controlar magatzems caòtics, articles amb diferents ubicacions dins d’un mateix magatzem, processos de Picking, articles compostos, productes en procés de fabricació, articles amb característiques úniques com lots, caducitats, números de sèrie, talles, colors o qualsevol altra tipus i utilitzar dispositius mòbils.